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数字单分子多重基因分析系统

来源:未知 编辑:admin 发布时间:2018-02-01
数字单分子多重基因分析系统简介:
 
数字单分子多重基因分析系统是继生物芯片技术和新一代测序技术(NGS)后在基因表达谱分析上展示出强大应用前景的新技术公司。数字单分子多重基因分析系统是直接对基因表达进行多重计数的全新数字式技术,利用分子条形码和单分子成像来检测及统计每一个反应体系中特定转录本的数量,表现出极高的灵敏度、精确度和重复性。

该技术整个系统包括全自动的样品处理工作站、数字化成像分析仪、CodeSet(分子条形码)和相关试剂,可以使研究人员用少量的实验材料进行特定或一组基因的表达特征研究。该技术上无需使用酶,无需反转录,也不需要做PCR 扩增,从而可进一步减少误差的产生,因此nCounter 在表达谱定量分析领域具有无可比拟的优势。

数字单分子多重基因分析系统技术原理:

1. 荧光编码探针与目标分子杂交荧光编码探针具有两个部份

(1) 报告探针(Reporter Probe)是一段带有50 mer 的核酸及不同荧光颜色排列组合而成的探针,为主要的信号来源。

(2) 捕获探针:是一段带有50 mer 的核酸及Biotin , 能将   目标分子捕获并停留在由Avidin组成的Cartridge上。

2. 杂交过后, 将样品送进Prep Station移除剩余为杂交的探针并且将形成探针/目标分子的复合物与Cartridge進行接合,通電使其皆朝同一個方向排列。  

3,将cartridges移动到 DigitalAnalyzer进行信号数据采集计数在Cartridge表面上的荧光编码探针并且将其列表标识。

数字单分子多重基因分析系统应用领域:

1. 基因表达谱研究 Gene Expression 800个基因分析通量 具有弹性的样品需求,适用于血液样本与FFPE样本 只需要15分钟的手动操作时间

2. 小RNA分析 miRNA Analysis人类,小鼠 及大鼠的miRNA分析皆适用  完整包含miRBase资料库的miRNA(人类、小鼠、大鼠)

3. 拷贝数多样性分析 Copy Number Variation 同时检视人类基因组中800个区域 准确的标记感兴趣的区域

4. 帮助二代测序进行后期验证 NGS Validation

代表性发表文献

① Multiplexed Protein ProfilingUllal A.V. et al., “Cancer cell profiling by barcoding allows multiplexed protein analysis in fine-needle aspirates.” Sci Trans. Med. 6(219): 219ra9 January 15, 2014

② Determining Cell-of-Origin Subtypes of Diffuse Large B-cell Lymphoma Using Gene Expression in FFPE TissueScott D.W. et al., “Determining cell-of-origin subtypes of diffuse large B-cell lymphoma using gene expression in formalin-fixed paraffin embedded tissue.” Blood [Epub ahead of print]. January 07, 2014

③ Rapid, reliable, and reproducible molecular sub-grouping of clinical medulloblastoma samplesNorthcott PA, et al., “Rapid, reliable, and reproducible molecular sub-grouping of clinical medulloblastoma samples” Acta Neuropathologica 123(4): 615-26. November 06, 2011

④ Access your FFPE archives with confidence - nCounter provides superior performance to PCRReis PP, et al., “mRNA transcript quantification in archival samples using multiplexed, color-coded probes.” BMC Biotechnol vol. 108 no. 19 7956-7961. May 09, 2011

⑤ Digital sequencing + digital validation = data you can publishSun Z, et al., “Integrated Analysis of Gene Expression, CpG Island Methylation, and Gene Copy Number in Breast Cancer Cells by Deep Sequencing” PLoS ONE Vol 6-2, e17490. February 25, 2011

⑥ Turn discoveries into practical tools for routine analysisBock C, et al., “Reference Maps of Human ES and iPS Cell Variation Enable High-Throughput Characterization of Pluripotent Cell Lines” Cell 144, 439-452. February 04, 2011
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